要移除所有应用，只保留设置和自定义应用，可以使用以下代码示例：

PackageManager packageManager = getPackageManager();
List installedApps = packageManager.getInstalledApplications(0);

for (ApplicationInfo appInfo : installedApps) {
    if ((appInfo.flags & ApplicationInfo.FLAG_SYSTEM) == 0) {
        // 非系统应用
        if (!appInfo.packageName.equals("com.android.settings") && !appInfo.packageName.equals("your_custom_app_package_name")) {
            // 不是设置应用和自定义应用
            packageManager.deletePackage(appInfo.packageName, null);
        }
    }
}

请注意，上述示例中的"your_custom_app_package_name"应该替换为您自定义应用的包名。

此代码示例首先获取所有已安装的应用程序列表。然后，它遍历列表并检查每个应用程序是否为系统应用。如果应用程序不是系统应用，则检查其包名是否为设置应用程序或自定义应用程序的包名。如果不是，则使用PackageManager的deletePackage方法将该应用程序删除。

请注意，您需要在AndroidManifest.xml文件中的标签中添加以下权限：

此权限允许您删除其他应用程序。

此代码示例仅为演示目的，并假设您已在适当的位置调用它，例如在Activity的onCreate方法中。