要获取应用程序窗口的大小，包括分屏和弹出视图的情况，可以使用下面的代码示例：

import android.app.Activity;
import android.graphics.Rect;
import android.os.Bundle;
import android.util.DisplayMetrics;
import android.view.Display;
import android.view.View;
import android.view.ViewTreeObserver;

public class MainActivity extends Activity {

    private int windowWidth;
    private int windowHeight;

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);

        // 获取屏幕的宽度和高度
        DisplayMetrics metrics = new DisplayMetrics();
        getWindowManager().getDefaultDisplay().getMetrics(metrics);
        windowWidth = metrics.widthPixels;
        windowHeight = metrics.heightPixels;

        // 监听视图树的变化
        View rootView = findViewById(android.R.id.content);
        rootView.getViewTreeObserver().addOnGlobalLayoutListener(new ViewTreeObserver.OnGlobalLayoutListener() {
            @Override
            public void onGlobalLayout() {
                // 获取应用程序窗口的可见区域
                Rect rect = new Rect();
                getWindow().getDecorView().getWindowVisibleDisplayFrame(rect);

                // 计算应用程序窗口的大小
                int visibleWidth = rect.width();
                int visibleHeight = rect.height();

                // 处理分屏和弹出视图的情况
                if (visibleWidth != windowWidth || visibleHeight != windowHeight) {
                    // 分屏或弹出视图的情况下，重新设置窗口大小
                    windowWidth = visibleWidth;
                    windowHeight = visibleHeight;
                }

                // 在这里处理获取到的窗口大小
                // ...

                // 移除监听，避免重复调用
                rootView.getViewTreeObserver().removeOnGlobalLayoutListener(this);
            }
        });
    }
}

在上述代码中，我们首先通过getWindowManager().getDefaultDisplay().getMetrics(metrics)方法获取屏幕的宽度和高度，然后使用rootView.getViewTreeObserver().addOnGlobalLayoutListener()方法监听视图树的变化。

在onGlobalLayout()方法中，我们可以通过getWindow().getDecorView().getWindowVisibleDisplayFrame(rect)方法获取应用程序窗口的可见区域，然后根据可见区域的宽度和高度判断是否为分屏或弹出视图的情况。如果是，则重新设置窗口大小为可见区域的宽度和高度。

在这里，你可以根据需要来处理获取到的窗口大小。