要以编程方式更改NavigationView选中项的颜色，可以使用以下方法：

1. 首先，在XML布局文件中定义NavigationView：

在上面的代码中，我们可以设置app:itemTextColor和app:itemIconTint属性来更改选项的文本和图标颜色，设置app:itemBackground属性来更改选项的背景。

2. 创建一个颜色资源文件navigation_item_color.xml，定义选中项的颜色：

在上面的代码中，我们使用selector元素来定义选中项和默认项的颜色。

3. 创建一个drawable资源文件navigation_item_background.xml，定义选中项的背景：

在上面的代码中，我们使用selector元素来定义选中项和默认项的背景颜色。

4. 在Java代码中，获取NavigationView的实例，并使用setItemTextColor()和setItemIconTint()方法来设置选项的文本和图标颜色：

NavigationView navigationView = findViewById(R.id.navigation_view);
navigationView.setItemTextColor(getResources().getColorStateList(R.color.navigation_item_color));
navigationView.setItemIconTintList(getResources().getColorStateList(R.color.navigation_item_color));

在上面的代码中，我们使用getResources().getColorStateList()方法来获取颜色资源，并将其应用到NavigationView的选项文本和图标。

这样，您就可以以编程方式更改NavigationView选中项的颜色了。