在Angular应用程序中，可能会遇到只在两个文件（main.js和polyfills.js）中输出控制台日志的问题。这是因为在这些文件中设置了默认的Angular日志级别。要解决这个问题，需要在应用程序的根模块中设置日志级别。

在根模块（例如app.module.ts）的import部分导入Logger和Level：

import { Logger, Level } from '@angular/core';

然后在NgModule的providers数组中设置Logger：

providers: [ Logger, { provide: Logger, useValue: new Logger('my-app', Level.DEBUG)} ]

在上面的代码中，设置了Logger的名称为'my-app”，并将日志级别设置为DEBUG，这将使Angular在所有组件和服务中输出调试级别的日志。

现在，在应用程序中的任何地方，可以使用Logger服务来输出控制台日志：

constructor(private logger: Logger) { logger.warn('This is a warning message'); }

这将会输出一个警告消息，并且在控制台中看到日志输出。