在MongoDB中可以使用聚合管道来按日期分组后再按子组进行聚合查询。下面是一个示例代码，演示如何进行此类查询：

db.collection.aggregate([
  // 第一步：按日期分组
  {
    $group: {
      _id: {
        year: { $year: "$date" },
        month: { $month: "$date" },
        day: { $dayOfMonth: "$date" }
      },
      count: { $sum: 1 }
    }
  },
  // 第二步：按子组进行聚合
  {
    $group: {
      _id: "$_id.year",
      data: {
        $push: {
          month: "$_id.month",
          day: "$_id.day",
          count: "$count"
        }
      }
    }
  }
])

在上面的代码中，假设要对一个名为collection的集合进行查询，集合中的每个文档都有一个日期字段date。首先，使用$group操作符按日期进行分组，将日期字段拆分为年、月和日，并计算每组的数量。然后，再次使用$group操作符按年进行分组，将每年的数据以数组形式存储在data字段中。

这样，就可以按日期分组后再按子组进行聚合查询。你可以根据你的具体需求进行修改和调整聚合管道的操作符。