以下是一个使用SQLAlchemy进行多对多查询，并按照另一个表进行排序和限制的示例代码：

from sqlalchemy import create_engine, Table, Column, Integer, ForeignKey
from sqlalchemy.orm import relationship, sessionmaker
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base

engine = create_engine('sqlite:///database.db')
Session = sessionmaker(bind=engine)
session = Session()
Base = declarative_base()

# 创建中间表
association_table = Table('association', Base.metadata,
                          Column('book_id', Integer, ForeignKey('books.id')),
                          Column('author_id', Integer, ForeignKey('authors.id'))
                          )

# 创建书籍模型
class Book(Base):
    __tablename__ = 'books'
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    title = Column(String)
    authors = relationship('Author', secondary=association_table, back_populates='books')

# 创建作者模型
class Author(Base):
    __tablename__ = 'authors'
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    name = Column(String)
    books = relationship('Book', secondary=association_table, back_populates='authors')

# 查询作者为'John'的书籍，并按照书籍的id降序排序，并取前5个结果
author = session.query(Author).filter_by(name='John').first()
books = session.query(Book).filter(Book.authors.contains(author)).order_by(Book.id.desc()).limit(5).all()

在上面的示例代码中，我们首先定义了中间表association_table，然后创建了书籍模型Book和作者模型Author，并通过secondary参数将它们与中间表关联起来。

然后，我们使用session.query()方法查询作者名为'John'的作者，并使用filter()方法过滤结果。然后，我们使用order_by()方法按照书籍的id降序排序，并使用limit()方法限制结果数量为5。最后，我们使用all()方法获取查询结果。

请注意，上述代码仅为示例，实际使用时需要根据项目的数据模型和需求进行相应的修改。