1. 首先，需要遍历所有的文件夹。
2. 对每个文件夹内的PDF文件进行合并操作，可以使用PyPDF2库中的PdfFileMerger()函数。
3. 合并完成后，将新的PDF文件保存到输出文件夹中。

示例代码：

import os
from PyPDF2 import PdfFileMerger

folder_path = '/path/to/input/folder'
output_path = '/path/to/output/folder'

for folder_name in os.listdir(folder_path):
    if not os.path.isdir(os.path.join(folder_path, folder_name)):
        continue

    # 初始化PdfFileMerger对象
    merger = PdfFileMerger()

    for file_name in os.listdir(os.path.join(folder_path, folder_name)):
        # 只合并PDF文件
        if not file_name.lower().endswith('.pdf'):
            continue
        # 将PDF文件加入到PdfFileMerger对象中
        merger.append(os.path.join(folder_path, folder_name, file_name))

    # 如果文件夹内没有PDF文件，则跳过此文件夹
    if merger.filestr == b'':
        continue

    # 保存合并后的PDF文件到输出文件夹中
    output_file_path = os.path.join(output_path, folder_name + '.pdf')
    merger.write(output_file_path)