在关联数组中按子数组中的键的存在对关联数组进行排序，可以使用以下方法：

1. 遍历关联数组，将每个子数组中的键的存在情况保存在一个新的数组中。
2. 根据新的数组对关联数组进行排序。
3. 使用排序后的关联数组。

下面是一个使用PHP语言实现的示例代码：

 ['B' => 1, 'C' => 2],
    'B' => ['A' => 1, 'C' => 2],
    'C' => ['A' => 1, 'B' => 2],
];

// 子数组中的键的存在情况
$keyExistence = [];

// 遍历关联数组，保存子数组中的键的存在情况
foreach ($array as $subArray) {
    $existKeys = array_keys($subArray);
    $keyExistence[] = $existKeys;
}

// 对关联数组进行排序
array_multisort($keyExistence, $array);

// 输出排序后的关联数组
print_r($array);

运行以上代码，将得到以下输出：

Array
(
    [C] => Array
        (
            [A] => 1
            [B] => 2
        )

    [B] => Array
        (
            [A] => 1
            [C] => 2
        )

    [A] => Array
        (
            [B] => 1
            [C] => 2
        )

)

上述代码通过遍历关联数组，将每个子数组中的键的存在情况保存在一个新的数组中，然后使用array_multisort()函数对关联数组进行排序，最后输出排序后的关联数组。