以下是使用Apache POI设置基于公式的条件格式的主题颜色的示例代码：

import org.apache.poi.ss.usermodel.*;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.*;

public class ConditionalFormattingExample {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        // 创建工作簿和工作表
        Workbook workbook = new XSSFWorkbook();
        Sheet sheet = workbook.createSheet("Sheet1");

        // 创建一些示例数据
        for (int row = 0; row < 10; row++) {
            Row dataRow = sheet.createRow(row);
            Cell cell = dataRow.createCell(0);
            cell.setCellValue(row);
        }

        // 创建条件格式规则
        SheetConditionalFormatting formatting = sheet.getSheetConditionalFormatting();
        ConditionalFormattingRule rule = formatting.createConditionalFormattingRule("A1:A10>5");

        // 创建字体格式化对象
        FontFormatting fontFormatting = rule.createFontFormatting();
        fontFormatting.setFontColorIndex(IndexedColors.RED.getIndex());

        // 应用条件格式规则到单元格范围
        CellRangeAddress[] ranges = {CellRangeAddress.valueOf("A1:A10")};
        formatting.addConditionalFormatting(ranges, rule);

        // 保存工作簿到文件
        FileOutputStream fileOut = new FileOutputStream("output.xlsx");
        workbook.write(fileOut);
        fileOut.close();

        // 关闭工作簿
        workbook.close();
    }
}

上述代码示例创建了一个工作簿和一个工作表，并填充了一些示例数据。然后，它创建一个条件格式规则，使用基于公式的条件 "A1:A10>5"。接下来，代码创建了一个字体格式化对象，并将字体颜色设置为红色。最后，代码将条件格式规则应用于单元格范围 "A1:A10"，并将工作簿保存到名为 "output.xlsx" 的文件中。

请注意，要运行此代码示例，您需要在类路径中包含Apache POI库的正确版本。