在Android Studio中，APK Analyzer默认只解析一个DEX文件。要解析多个DEX文件，可以使用命令行工具dx来合并DEX文件，然后再使用APK Analyzer进行分析。

以下是一个示例的解决方法：

1. 打开终端或命令提示符，并导航到你的项目目录。

2. 使用dx工具将多个DEX文件合并为一个。运行以下命令：

   dx --dex --output=merged.dex dex1.dex dex2.dex
   

   这将合并dex1.dex和dex2.dex文件，并将结果保存为merged.dex。

3. 在Android Studio中，打开APK Analyzer。你可以通过选择“Build”菜单下的“Analyze APK”选项来打开APK Analyzer。然后选择你的APK文件。

4. 在APK Analyzer中，选择“classes.dex”文件夹，然后右键单击并选择“Replace...”。

5. 在文件选择对话框中，选择刚刚生成的merged.dex文件，并点击“打开”。

现在，APK Analyzer将解析并显示所有DEX文件的分析结果。

注意：如果你的APK文件只包含一个DEX文件，那么你可以直接在APK Analyzer中查看分析结果，而无需合并DEX文件。