以下是一个示例代码，通过读取输入的单词列表并按长度和字母顺序对其进行排序，然后计算每个单词的频率。

import java.util.*;

public class WordFrequency {
    public static void main(String[] args) {
        // 输入的单词列表
        String[] words = {"apple", "banana", "cherry", "apple", "banana", "apple"};

        // 使用TreeMap按长度和字母顺序对单词进行排序
        TreeMap wordMap = new TreeMap<>(new Comparator() {
            @Override
            public int compare(String s1, String s2) {
                if (s1.length() == s2.length()) {
                    return s1.compareTo(s2);
                } else {
                    return Integer.compare(s1.length(), s2.length());
                }
            }
        });

        // 计算频率
        for (String word : words) {
            wordMap.put(word, wordMap.getOrDefault(word, 0) + 1);
        }

        // 打印结果
        for (Map.Entry entry : wordMap.entrySet()) {
            System.out.println(entry.getKey() + ": " + entry.getValue());
        }
    }
}

运行以上代码将输出：

apple: 3
banana: 2
cherry: 1

这样，我们就得到了按长度和字母顺序排序的Java单词频率。